John Petrucci nasceu em Long Island, New York, em 1967 e começou a tocar guitarra aos 12 anos. Cresceu ouvindo heavy metal e progressivo, tendo como bandas preferidas Rush, Yes, Iron Maiden, Metallica e Queensryche. Suas maiores influências na guitarra são Steve Morse, Steve Howe, Steve Vai, Alex Lifeson e Allan Holdsworth.
Na década de 80 montou o Dream Theater com seus colegas da escola de música de Berklee, John Myung e Mike Portnoy. A partir dos anos 90, quando despontou no cenário musical, nenhum outro novo guitarrista se destacou tanto quanto ele. Ao lado de Mike Portnoy, é o principal elemento do Dream Theater e um dos principais compositores da banda.
Sempre tendo o Dream Theater como sua banda principal, Petrucci já partipou de diversos outros projetos paralelos, entre eles o Liquid Tension Experiment e, mais recentemente, uma participação no G3 ao lado de Joe Satriani e Steve Vai.
Em 2004 lançou seu álbum solo, "Suspended Animation", contando com Dave LaRue no baixo e Dave Disenso na bateria.
Suspended Animation
1-Jaws Of Life
2-Glasgow Kiss
3-Tunnel Vision
4-Wishful Thinking
5-Damage Control
6-Curve
7-Interlude
8-Lost Without You
9-Animate- Inanimate
1-Blow Wind Blow (featuring Jeff Healey)